Je pouze na Narutovi a jeho ninjech, aby zachránili vesnici od nebezpečného útoku nepřátel. Lidé z vesničky Hiddel Leaf nalezli znovu pevnou půdu pod nohama a obnovili své normální životy po předchozím útoku ďábelského Orichamara, když se jejich zapřísáhlý nepřítel objeví opět z ničeho nic v městské bráně. Kvůli hrozbě bezprostředního útoku jsou povolání Naruto a jeho kolegové ninjové, aby společně vytvořili tři týmy, vrhli se do boje s tímto nepřítelem a překazili náhlý útok. S využitím své veškeré Ninja strategie a dovedností zvolte k finálním boji jeden ze tří týmů a přijměte výzvu na záchranu vesnice. Na začátku každé mise si zvolte vedoucího týmu z pěti dostupných charakterů, jež je následován dvěma podpůrnými členy týmu ze seznamu 19 hratelných postav. Jakmile je váš dokonalý tým vybrán, vrhněte se do boje a využívejte kombo-útoků pro boj zblízka, použijte svůj Chakra k běhu nahoru na stěny a provádějte speciální dostupné ninja techniky, abyste mohli porazit nepřítele. Mimo to nezapomeňte využít dlouhé řady vrhacích zbraní, které můžete sbírat v průběhu celé mise. Při hraní využijete dotekovou obrazovku Nintenda DS i foukání do mikrofonu – díky tomu si aktivujete své konečné ninja dovednosti i kompletní užitečné minihry.
Cena: 999